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农历八月十一日（9月26日），慈禧太后下令，各州、府、县议设的小学堂，着各地方官斟酌情形，听民自便。各省祠庙不在祀典者，苟非淫祀，毋庸改为学堂。
八月二十四日（10月9日），慈禧太后又下令：“嗣后乡试会试及岁考科考等，悉照旧制，仍以四书文试帖经文策问等项分别考试。”
这些对新式学堂的重大打击，使得很多中小学堂门可罗雀，乃至关门。崇实中学是教会学校，几乎没有什么影响，相反，还多出了好几个新面孔，估计是从别的学堂转来的。
九月十八日（11月1日），高赓恩又上《新创学堂隐患甚巨请概予裁撤折》，称“此等学堂，类皆以中学饰为外观，掩人耳目，而专心致志惟在传布西学，以洋人为宗主，恃洋人为护符”、“学堂之中仅存中学名目，而西学乃所服膺，入其彀者无不奉其教、习其礼、服其迷心之药，甘心从逆而不改”，请求“明降谕旨，除同文馆、武备学堂、机器局留备实用外，所有京外新创之大、中、小各种学堂已立者一律裁撤，未立者停止举行，以杜乱萌而绵国祚。并请饬下步军统领、顺天府、五城及各直省将军督抚随地随时明查暗访，如有私肄西学、谬称讲求时务者，立即严拿，奏明重惩，庶浸淫西学、甘心从逆之徒无所凭依，即无从蛊惑，斯学术端而人心正，祖法不至再变，圣道不至再乱，而钜患可潜消矣”。
奏折虽然留中不发，但本已经是惊弓之鸟的各种学堂，闻信之后，或改换门庭，或关门大吉。
因为崇实中学已经创办了三十余年，其创始人丁韪良又是二品大官，还有美国公使馆撑腰，一时间成了遮风避雨的大树。孙元起眼见着班里又多了好几个学生。
西历11月初的一天，孙元起从高等班上完课，按照惯例，问道：“今天的课有什么不懂的么？”
就见后面有学生举手：“先生，我有问题！”
孙元起上课，是按照后世的教材进行的，有丰富的例证，讲述深入浅出，定义也非常缜密，一般上完课的都能听懂，且高等班本来很少人有发问。有问的，也多是下课后问一些其他边缘的问题。今天突然有人提问，很是惊讶。连忙道：“您有什么问题？”
孙元起是21世纪的新新青年，讲究的是人人平等，所以对学生很尊重，从不摆“师道尊严”的面孔，所以学生很喜欢他，尤其是初等班的。
“先生，我是刚从北洋高等学堂转学过来的，叫陈骥德，还有几位是保定中等学堂的。和原来同学相比，缺了一大截，想要自己补习。所以想问先生，课上是否有教材？”那个学生站了起来，年龄不大，身材也不高，约摸十五六岁，浓眉大眼，鼻正口方，皮肤小麦色，却是很活泼的样子。
“教材倒是没有。”孙元起答道，“先前开学的时候，已经和大家说过，我讲授的与他人不同，也没有教材，故叫同学认真笔记。如果你要看，可以问他们借来看。”
“借自然是可以的……”陈骥德有些为难的坐下去，估计新来的暂时和原来的同学玩不到一块儿去，借笔记的话有些困难。
孙元起刚要走，又有一人举手：“先生！”
收回脚，这次发问的是从开学就一直上课的同学，很清秀的一个少年，孙元起有些印象，说：“您有何问题？”
“先生，我是一直听课的——课后，我也曾看了我们同学的笔记，每人都不一样，甚至有抵牾的。”那个学生站起来，“我见先生上课都带着一些纸来，想是纲要，所以想请先生留给我们一用，下次课上便可还你。”
孙元起一愣，这个学生的说法应该是可信的，因为他上课很少板书，只是偶尔需要画图时才动粉笔，其余都是张口说。为什么呢？孙元起有自己的苦衷，那就是他不认识多少繁体字，怕写出来露馅。同样，上课的提纲也是自己信手用钢笔写的，里面都是简体字，哪敢借给学生用？至于大家听讲之后如何，全看各人自己的笔记如何。而笔记差异问题，恐怕是各个等级班都会遇到的问题。
沉吟了半晌，孙元起道：“这确实是个问题。对了，你叫什么名字？”
“韩蘧，字伯玉，先生。”那个学生答道。
“这样，韩蘧你负责收集两到三份记录较好的笔记，陈……陈……”孙元起忘了第一个学生的名字，指着他示意道。
“陈骥德，字以德，先生。”陈骥德站起来。
“对，陈骥德，你找两位书写工整的，然后和韩蘧每周周五、周六晚上到我住处，从头开始整理，抄写下来，算是标准，大家轮流传抄吧。”孙元起不想自己写字，就用这个方法。至于初级班，就是周一、周二；中级班，则是周三、周四。
在清末，儒学氛围浓厚，讲究“师道尊严”，常言道：“一日为师，终生为父。”又说：“先生有事，弟子服其劳。”所以听老师话、替老师办事，那是天经地义的。学生们没有丝毫意见，便允了。于是一周有六天，马神庙里都有学生往来。老佟笑着对孙元起说：“别人不知道的，还以为京师大学堂已经开学了呢！”
在住处，孙元起叫修房屋的那伙人，先把西厢房北间的那破炕给拆了，和中间连成一大间；又托老佟买了几张椅子、几张桌子。每次学生来的时候，孙元起便对着自己的纲要和学生的笔记，向学生口授该怎么写，一二三四、甲乙丙丁……笔受结束，还要再看一回，作一定的修改，才让学生拿回去写定。
最初的时候，大家来得非常规矩：周一、二，初等班；周三、四，中等班；周五、六，高等班。渐渐地就乱了，中等班借初等班、高等班的课本抄录，高等班也来听中等班、初等班的课，甚至在学校，有初等班的学生旷课去高等班听课……最后干脆混了，孙元起都记不清到底谁是初等班、谁是高等班了，反正每周6天，西厢房都有人。最夸张的，周日休息，还有人摸来问问题。
为了比划清楚，便于教学，孙元起亲自动手，做了不少实验设备，尽管粗糙，却颇合实用。又用薪金买了几样，摆在西厢房里，居然小有实验室的模样。
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